1. Có vi phạm nghiêm trọng về trình tự, thủ tục trong tiến hành thanh tra.
2. Có sai lầm trong việc áp dụng pháp luật khi kết luận thanh tra.
3. Nội dung kết luận thanh tra không phù hợp với những chứng cứ thu thập được trong quá trình tiến hành thanh tra.
4. Người ra quyết định thanh tra, Trưởng đoàn thanh tra, thành viên Đoàn thanh tra, người được giao thực hiện nhiệm vụ thanh tra chuyên ngành cố ý làm sai lệch hồ sơ vụ việc hoặc cố ý kết luận trái pháp luật.
5. Có dấu hiệu vi phạm pháp luật nghiêm trọng của đối tượng thanh tra chưa được phát hiện đầy đủ qua thanh tra.