Điều 12. Xây dựng kế hoạch kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế

1. Lựa chọn NNT có dấu hiệu rủi ro để xây dựng kế hoạch kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế

Hồ sơ hoàn thuế GTGT sau khi được phân loại giải quyết tại Điều 11 Quyết định này, đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước kiểm tra sau, ứng dụng QLRR đồng thời tự động xác định hồ sơ hoàn thuế thuộc trường hợp phải kiểm tra trong vòng một (01) năm, ba (03) năm hay trong vòng năm (05) năm kể từ ngày có Quyết định hoàn thuế theo quy định tại Luật Quản lý thuế và kết quả đánh giá, xếp hạng NNT tại thời điểm tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế, cụ thể như sau:

a) Hồ sơ hoàn thuế GTGT thuộc diện hoàn thuế trước kiểm tra sau phải kiểm tra trong vòng một (01) năm kể từ ngày có Quyết định hoàn thuế, bao gồm:

- Các trường hợp phải kiểm tra sau hoàn thuế trong thời hạn một (01) năm kể từ ngày có Quyết định hoàn thuế theo quy định tại Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành.

- Hồ sơ hoàn thuế GTGT của NNT được xếp hạng rủi ro cao nhưng thuộc diện hoàn thuế trước kiểm tra sau theo quy định tại điểm a2, khoản 1, Điều 18 Thông tư số 31/2021/TT-BTC.

b) Hồ sơ hoàn thuế GTGT của NNT được xếp hạng rủi ro trung bình phải thực hiện kiểm tra, thanh tra trong thời hạn ba (03) năm kể từ ngày ban hành Quyết định hoàn thuế.

c) Hồ sơ hoàn thuế GTGT của NNT được xếp hạng rủi ro thấp phải thực hiện kiểm tra, thanh tra trong thời hạn năm (05) năm kể từ ngày ban hành Quyết định hoàn thuế.

Sau khi Quyết định hoàn thuế đối với hồ sơ hoàn thuế GTGT thuộc diện hoàn thuế trước kiểm tra sau được ban hành và được cập nhập trên ứng dụng TMS, ứng dụng QLRR tự động đồng bộ các thông tin từ ứng dụng TMS và đối chiếu với hồ sơ hoàn thuế đã được phân hạng rủi ro để xác định thời hạn kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế GTGT theo quy định.

2. Chuyển kết quả phân loại để thực hiện kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế

Định kỳ ngày cuối cùng hàng tháng, ứng dụng QLRR phân hệ hoàn thuế xác định được trường hợp NNT phải kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế sẽ thực hiện chuyển NNT sang ứng dụng QLRR phân hệ lập kế hoạch thanh tra, kiểm tra theo mẫu số 09-QLHT/QĐ-QLRR để thực hiện theo dõi và đưa vào phân tích rủi ro khi cơ quan thuế xây dựng kế hoạch thanh tra, kiểm tra đầu năm hoặc khi điều chỉnh kế hoạch trong năm và lựa chọn ra NNT đưa vào kế hoạch kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế GTGT hoặc kết hợp với thanh tra, kiểm tra theo kế hoạch năm, theo nguyên tắc:

+ Rủi ro cao: cơ quan thuế đưa vào kế hoạch thanh tra kiểm tra theo chuyên đề hoàn của năm hoặc kết hợp giữa thanh tra kiểm tra theo kế hoạch năm với thanh tra kiểm tra hoàn thuế GTGT.

+ Rủi ro trung bình hoặc rủi ro thấp: nếu NNT chưa đến hạn thanh tra kiểm tra sau hoàn thì ứng dụng QLRR phân hệ lập kế hoạch thanh tra kiểm tra tại trụ sở NNT tiếp tục theo dõi và đưa vào phân tích rủi ro khi lập kế hoạch thanh tra kiểm tra tại kỳ điều chỉnh kế hoạch năm hoặc tại các năm tiếp theo (nếu tại kỳ điều chỉnh năm trước vẫn thuộc rủi ro trung bình hoặc thấp). Trường hợp NNT đến hạn phải thanh tra kiểm tra sau hoàn, cơ quan thuế đưa vào lập kế hoạch thanh tra kiểm tra theo chuyên đề hoàn trong năm như thông thường.

Trường hợp NNT được cơ quan thuế giải quyết hoàn thuế bằng nhiều Quyết định hoàn thuế có thời điểm khác nhau thì thời hạn kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế căn cứ vào thời gian trên từng Quyết định về việc hoàn thuế ban hành tại Thông tư 80/2021/TT-BTC ngày 29/9/2021 của Bộ trưởng Bộ Tài chính.

Thời hạn kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế GTGT cụ thể đối với các trường hợp này được thực hiện theo hướng dẫn của Tổng cục Thuế. Cục Thanh tra - Kiểm tra thuế chủ trì, tham mưu trình Tổng cục Thuế hướng dẫn thực hiện nội dung này.